A ninjutsu-ban gyakran előfordul a Nin kifejezés, a nevében is benne van. A szót nem lehet közvetlenül lefordítani. A ninjutsu és a ninja "nin" szava egy egyszerű hang a japán nyelvben, amely magyarul átfogó magyarázatot követel.
A nin (és a shinobi is) alapvetően állóképességet, kitartást és béketűrést jelent, mind szellemi és elmebeli (pszichikai és mentális), mind pedig fizikai értelemben. Másik jelentése a lopakodás, rejtőzködés, elrejtőzés, titokzatosság, tehát shinobi-t is jelent.
Maga az írásjel két részre bontható: a felső írásjel (felső két jel) a penge, az alsó (alsó négy jel) pedig a szív jele. A nin tehát a következőket jelenti: a szív, vagyis az akarat a jó úton halad és a penge hatékonyságával együtt alkotja a képesség, képzettség eszközét.
Tágabb értelemben a nin a test és az agy kontrollját jelenti, a jónak a rossztól való megkülönböztetése céljából. A megfelelő érzésektől irányítva élni annyit jelent, mint képesnek lenni megbízni a hatodik érzékben és a gondolkodás tudat alatti szintjének dolgozó tudásával rendelkezni. A valóságnak ez az átfogóbb érzékelése a saját nézőpontokon alapszik, melyek megerősítik a ninját (eltekintve az egyezményes harci taktikától) a háborúzó államok és feudális tartományok idején.
A nin jelentése Takamatsu sensei szerint a következő: "Bár az ellenség fenyegetően szívem fölé tartja a pengét, én kitartok, tűröm, és végül győzedelemeskedni fogok." Ebből már látható, hogy egy meglehetősen összetett fogalom. Ennek a jellegzetes gondolkodásmódnak köszönhetően maradtak fenn a különböző ryu-k. Tehát az idők változásain a folyamatos alkalmazkodással lehet felülkerekedni. Mindig annyit kell változni, amennyi feltétlenül szükséges a saját magad, családod, hazád fennmaradásához. Legyél képes arra, hogy új információkat, tudást tegyél magadévá úgy, hogy közben megőrizd az eredeti értékeket. Ezt tanította és tanítja ma is a ninjutsu.